Her følger et par eksempler på Skt. Johannes Eremittens posthume mirakler:
Barnet i hulen
For en del år siden skulle en stor gruppe troende ud til Johannes-hulen. Blandt dem var et barn på 7-8 år, som pludselig forsvandt, mens de var på vej ind i det indre af hulen. Forældrene blev naturligvis skrækslagne, og der iværksattes øjeblikkeligt en eftersøgning, men barnet var intet sted at finde. Heller ikke de følgende dages eftersøgninger førte til noget resultat, så man måtte antage, at barnet var dødt på et sted, der ikke var tilgængeligt for dem. Stor var forundringen og ærefrygten imidlertid, da nogle bekendte næste år ved helgenfesten så barnet stå ved Johannes' grav dybt inde i hulen. Det fortalte dem glædesstrålende, at der var kommet en gammel mand hver dag, som havde givet det brød og vand.
Gouvernetou klostret
Hyrdernes bedrag
Mens Ioannikios Trikourakis var abbed på Gouvernetou klostret, skulle der være udskiftning af de hyrder, der anvendte klostrets græsningsarealer. De gamle hyrder havde ført alle fårene op til klostret, hvor de skulle deles mellem klostret og hyrderne. Da delingen skulle til at starte, råbte abbeden, at de skulle vente, indtil lederen kom. Førstemanden blandt hyrderne råbte tilbage, at det jo var abbeden selv, men denne svarede nej. I det samme kom munkene bærende på en stor ikon af Skt. Johannes, og delingen begyndte. Næppe var delingen overstået, før man så en stor flok får anført af to væddere komme op fra Bjørnegrotten. Af øremærkningen kunne man se, at det var får, der tilhørte klostret. Fårene gik hen til den gruppe, der var tilfaldet klostret efter lodtrækning. Det viste sig senere, at hyrderne havde holdt flokken skjult for at beholde dem selv.
Tyskeren og hans pistol
Under Anden Verdenskrig spærrede tyskerne alle Gouvernetous munke samt en del indbyggere på Akrotiri inde i klosterkirken. Biskoppen over Kydonia og Apokoronas, der talte tysk, ankom til klostret for at få frigivet de indespærrede. Tyskerne frigav kun munkene og de ældre mennesker. Men da en navngiven ung mand også ville forlade kirken, stormede en tysk officer frem for at skyde ham. Tyskeren trykkede ni gange på aftrækkeren, men pistolen virkede ikke. Officeren afprøvede bagefter sin pistol uden for klostret, og nu virkede den. Han blev forfærdet og skyndte sig at frigive alle de indespærrede.
Helbredelse af fistel
En person fra Mournies syd for Chania fortæller, hvordan Johannes helbredte hans dårlige ben: "Da jeg som 13-årig spillede bold med mine venner, ramte en sten mig på højre ben. Såret ville ikke hele og forblev åbent i fem måneder. Der gik betændelse i det, og jeg fik høj feber. Lægen diagnosticerede det som en fistel og fortalte, at benet skulle amputeres, hvis hans behandling ikke virkede. Behandlingen virkede ikke, så en operation syntes nødvendig. På dette kritiske tidspunkt drømte jeg en nat om en ukendt helgen, der sagde, at mit ben ville blive rask. Han fortalte også, at han var Sankt Johannes Eremitten. Allerede næste dag faldt feberen og såret heledes til stor overraskelse for både lægerne og mine forældre. Da hverken jeg selv eller min familie kendte til Johannes Eremitten, spurgte jeg mig for og fandt ud af, hvor han bliver tilbedt. Jeg skyndte mig ud til klostret og hulen for at takke ham."